Административното ръководство на ГД ГВА се осъществява от главен секретар, който се назначава от главния директор.
Главният секретар ръководи, координира и контролира дейността на администрацията в изпълнение на законовите разпореждания на главния директор на ГД ГВА за точното спазване на нормативните актове. Главният секретар:
1. осигурява организационната връзка между главния директор и административните звена в ГД ГВА, както и между административните звена;
2. организира разпределянето на задачите за изпълнение между административните звена на ГД ГВА;
3. осигурява необходимите условия за нормална и ефективна работа на административните звена на ГД ГВА на организационно и техническо равнище;
4. контролира изпълнението на възложените на администрацията задачи;
5. контролира и отговаря за работата с документите и за съхраняването им;
6. утвърждава длъжностните характеристики;
7. осигурява цялостната организация по провеждане атестирането на служителите в администрацията на ГД ГВА и обучението на персонала във връзка с прилагането на Наредбата за условията и реда за оценяване изпълнението на служителите в държавната администрация, приета с Постановление № 129 на Министерския съвет от 2012 г. (обн., ДВ, бр. 49 от 2012 г.; изм. и доп., бр. 27 от 2013 г., бр. 93 и 97 от 2019 г., бр. 9 и 105 от 2020 г. и бр. 29 от 2021 г.);
8. участва в подготовката на проекта на бюджет на ГД ГВА;
9. организира ползването на недвижими имоти и движими вещи – частна държавна собственост, предоставени на ГД ГВА;
10. изготвя ежегоден доклад за състоянието на администрацията и го представя на главния директор;
11. изпълнява и други функции, произтичащи от нормативен акт, или задачи, възложени му от главния директор.