Специализираната администрация е организирана в дирекция "Летателни стандарти" и дирекция "Оператори, авиационна сигурност, въздушно пространство, търсене и спасяване и правно осигуряване".
Дирекция "Летателни стандарти":
1. изготвя експертни становища, доклади, анализи и препоръки по въпроси, свързани с осигуряването на необходимото равнище на безопасност на гражданското въздухоплаване;
2. участва в подготовката на проекти на подзаконови нормативни актове в областта на гражданското въздухоплаване, както и спецификации, указания, правила и процедури;
3. извърша необходимите действия в съответствие с компетентността на ГД ГВА, свързани с контрол, издаване, отнемане или спиране на лицензи, разрешения, разрешителни, свидетелства, удостоверения, одобрения, атестации и сертификати;
4. контролира гражданското въздухоплаване и гражданските въздухоплавателни средства, организациите за обучение и авиационните оператори, лицата по чл. 119е ЗГВ, авиомедицинските центрове, авиомедицинските експерти и авиационния персонал;
5. утвърждава и контролира изпълнението на актове, които уреждат подготовката, организацията, провеждането и отчитането на въздухоплавателната дейност, технологични и технически документи, програми, планове, доклади и анализи, в съответствие с изискванията на ЗГВ и подзаконовите нормативни актове;
6. разследва инциденти;
7. води регистри в случаите, предвидени от закон;
8. поддържа и развива системата за управление на качеството в ГД ГВА;
9. организира и координира разработването, осъвременяването и прилагането на процедурите по качество в ГД ГВА;
10. организира и координира провеждането на независима оценка на системата по т. 8;
11. организира и осъществява цялостната дейност по лицензиране на въздушните превозвачи;
12. разглежда и се произнася по жалбите на пътниците съгласно ЗГВ и Регламент № 261 на Европейския парламент и на Съвета от 11 февруари 2004 г. относно създаване на общи правила за обезщетяване и помощ на пътниците при отказан достъп на борда и отмяна или голямо закъснение на полети и за отмяна на Регламент (ЕИО) № 295/91;
13. организира и осъществява дейността на ГД ГВА във връзка с изпълнението на задълженията, произтичащи от международните договори, страна по които е Република България, и членството й в организации в областта на гражданското въздухоплаване;
14. координира конкретното изпълнение от ГД ГВА на задълженията, произтичащи от членството на Република
България в Европейския съюз и специализираните международни организации;
15. организира и изпълнява дейности по осигуряването на достъпа до пазара на въздушни превозвачи;
16. защитава икономическите и търговските интереси на българските потребители и авиационни оператори по отношение на практиката и политиката на прилагане на едностранни ограничителни търговски или икономически действия, като при необходимост прави предложения пред министъра на транспорта, информационните технологии и съобщенията за въвеждане при всеки един конкретен случай на подходящи мерки;
17. разработва предложения до министъра на транспорта, информационните технологии и съобщенията за сключване, присъединяване, ратифициране, денонсиране и изменяне на международни договори в областта на гражданското въздухоплаване и за членство и участие в специализирани международни организации и инициативи;
18. издава разрешения за полети в съответствие със ЗГВ и подзаконовите нормативни актове по прилагането му;
19. контролира физическите и юридическите лица във връзка с икономическите аспекти на безопасността в гражданското въздухоплаване;
20. регулира безопасния превоз на опасни товари по въздуха в съответствие с международните и националните нормативни актове;
21. изпълнява и други функции, възложени от главния директор.