Специализираната администрация е организирана в дирекция „Авиационна безопасност“ и „Аеронавигационно осигуряване, летища и авиационна сигурност“. Дирекция „Авиационна безопасност“ изпълнява следните дейности в направления летателна експлоатация, лицензиране, летателна годност на гражданските въздухоплавателни средства, безпилотни летателни системи, международна дейност и иновации:
- Изготвя експертни становища, доклади, анализи и препоръки по въпроси, свързани с осигуряването на необходимото равнище на безопасност на гражданското въздухоплаване;
- Участва в подготовката на проекти на подзаконови нормативни актове в областта на гражданското въздухоплаване, както и спецификации, указания, правила и процедури, в частта, свързана с летателна експлоатация, лицензиране, летателна годност на гражданските въздухоплавателни средства, безпилотни летателни системи, международна дейност и иновации;
- Извърша необходимите действия в съответствие с компетентността на ГД ГВА, свързани с контрол, издаване, отнемане или спиране на лицензи, разрешения, разрешителни, свидетелства, удостоверения, одобрения, атестации и сертификати по отношение на направленията в дирекцията;
- Контролира гражданското въздухоплаване и гражданските въздухоплавателни средства, организациите за обучение и авиационните оператори, лицата по чл. 119е от ЗГВ, авиомедицинските центрове, авиомедицинските експерти, авиационните учебни центрове, авиомедицинските експерти, изпитните езикови центрове, авиационния персонал, организациите за техническо обслужване и организациите, свързани с поддържането на летателната годност;
- Утвърждава и контролира изпълнението на актове, които уреждат подготовката, организацията, провеждането и отчитането на въздухоплавателната дейност, технологични и технически документи, програми, планове, доклади и анализи в съответствие с изискванията на ЗГВ и подзаконовите нормативни актове;
- В съответствие с компетентността по направленията в дирекцията разследва инциденти, когато разследването не се провежда от НБРПВВЖТ, като контролира и ръководи авиационните субекти, които надзирава и които са въвели системи за управление на безопасността, своевременно да са изготвили анализите на авиационните събития;
- Води регистри в случаите, предвидени от закон;
- Организира и осъществява цялостната дейност по лицензиране на въздушните превозвачи;
- Контролира физическите и юридическите лица във връзка с икономическите аспекти на безопасността в гражданското въздухоплаване;
- Изготвя и издава бюлетини по безопасност, заповеди и други документи, които подпомагат дейността на ГД ГВА и авиационната индустрия;
- Организира и осъществява дейността на ГД ГВА във връзка с изпълнението на задълженията, произтичащи от международните договори, страна по които е Република България, и членството й в организации в областта на гражданското въздухоплаване;
- Координира конкретното изпълнение от ГД ГВА на задълженията, произтичащи от членството на Република България в Европейския съюз и специализираните международни организации;
- Организира и изпълнява дейности по осигуряването на достъпа до пазара на въздушни превозвачи;
- Защитава икономическите и търговските интереси на българските потребители и авиационни оператори по отношение на практиката и политиката на прилагане на едностранни ограничителни търговски или икономически действия, като при необходимост прави предложения пред министъра на транспорта и съобщенията за въвеждане при всеки един конкретен случай на подходящи мерки;
- Разработва предложения до министъра на транспорта и съобщенията за сключване, присъединяване, ратифициране, денонсиране и изменяне на международни договори в областта на гражданското въздухоплаване и за членство и участие в специализирани международни организации и инициативи;
- Издава разрешения за полети в съответствие с приложимото право на Европейския съюз, ЗГВ и подзаконовите нормативни актове по прилагането му;
- Регулира безопасния превоз на опасни товари по въздуха в съответствие с международните и националните нормативни актове;
- Подпомага участието на българската страна в работата на органите на Съвета на Европейския съюз по законодателни предложения и други разглеждани въпроси в областта на гражданското въздухоплаване;
- Обработва и поддържа информация за географските зони на безпилотни летателни системи, с които се установяват определени условия за полетите на безпилотни летателни системи на територията на страната;
- Извърша необходимите действия в съответствие с компетентността на ГД ГВА по отношение на експлоатацията на безпилотни летателни системи в специфичната и неограничена категория;
- Извършва проверки и предлага становища на главния директор във връзка с издаване на свидетелство на кандидатите за доставчици на обслужване за U-space и когато са определени такива единствени доставчици на общо информационно обслужване и участва в проверки на тези доставчици за установяване на съответствие с изискванията, при които е издадено свидетелството.