Специализираната администрация е организирана в дирекция "Летателни стандарти" и дирекция "Оператори, авиационна сигурност, въздушно пространство, търсене и спасяване и правно осигуряване".
Дирекция "Оператори, авиационна сигурност, въздушно пространство, търсене и спасяване и правно осигуряване":
1. извършва необходимите действия в съответствие с компетентността на ГД ГВА, свързани с контрол, издаване, отнемане или спиране на лицензи, разрешения, разрешителни, свидетелства, удостоверения, одобрения, атестации и сертификати;
2. дава становище пред главния директор относно публикуването на данни в Сборника за аеронавигационна информация и публикация на Република България;
3. осъществява координация между ведомствата и юридическите лица в областта на гражданското въздухоплаване във връзка с безопасността и сигурността на полетите;
4. организира и изпълнява дейности по лицензиране на оператори по наземно обслужване или самообслужване в съответствие с изискванията на ЗГВ и подзаконовите нормативни актове;
5. изготвя експертни становища, доклади, анализи и препоръки по въпроси, свързани с постигане на сигурността на гражданското въздухоплаване, аеронавигационното обслужване и търсене и спасяване при авиационни произшествия;
6. контролира физическите и юридическите лица във връзка със сигурността;
7. поддържа единна база данни и издава идентификационни карти и пропуски на физически и юридически лица, както и на моторни превозни средства за достъп до зоните за сигурност на гражданските летища за обществено ползване;
8. контролира гражданските летища, летателни площадки и други летищни съоръжения, както и самолетообслужващата техника;
9. контролира аеронавигационните и други съоръжения, свързани с гражданското въздухоплаване;
10. извършва необходимите действия в съответствие с компетентността на ГД ГВА, свързани с издаването на лицензи, разрешения и удостоверения по отношение дейността на аеронавигационното обслужване, търсене и спасяване при авиационни произшествия;
11. дава становище пред главния директор относно публикуването на данни в Сборника за аеронавигационна информация и публикация на Република България;
12. осъществява координация между ведомствата и юридическите лица в областта на безопасността на полетите, аеронавигационното обслужване, търсене и спасяване при авиационни произшествия в гражданското въздухоплаване;
13. извършва проверки за безопасна и ефективна работа на доставчиците на аеронавигационно обслужване, предоставящи услуги в обслужваното въздушно пространство на Република България;
14. извършва проверки и подготвя становища на главния директор във връзка с издаване на свидетелство за извършване на аеронавигационно обслужване на кандидатите за доставчици на аеронавигационно обслужване за всеки тип аеронавигационни услуги;
15. участва в проверки на доставчика на аеронавигационно обслужване за съответствие с изискванията, при които е издадено свидетелството;
16. изготвя становища до главния директор във връзка с признаването на свидетелства за извършване на аеронавигационно обслужване, издадени от чужди национални органи за контрол за осигуряване на аеронавигационно обслужване;
17. изготвя мотивирано предложение за частично делегиране на функциите по осъществяване на проверки и контрол на доставчиците на аеронавигационно обслужване на чужди национални органи за контрол;
18. изготвя годишни доклади за дейността на Главна дирекция "Гражданска въздухоплавателна администрация" като национален надзорен орган;
19. участва в изготвянето на проекти на нормативни актове;
20. при денонощен режим на работа заедно с Изпълнителна агенция "Морска администрация" поддържа сили и средства в съвместния авиационен и морски координационен център за търсене и спасяване при авиационни произшествия, като в случаите на авиационни произшествия ръководи и координира операции по търсене и спасяване на човешки живот и оказва помощ на търпящи бедствие въздухоплавателни средства във въздушното пространство на Република България и на нейната сухоземна територия, както и в българския морски отговорен район за търсене и спасяване при авиационни произшествия и във вътрешните водни пътища на Република България;
21. оказва правно съдействие на ръководството на администрацията за законосъобразното изпълнение на нейните функции, като разработва и предлага решения на правни проблеми, свързани с дейността на главната дирекция;
22. осъществява процесуалното представителство на главната дирекция;
23. изготвя договори във връзка с дейността на главната дирекция и осъществява контрол по изпълнението на сключените договори;
24. организира и осъществява дейностите по глава Х "В" от ЗГВ "Процедура за определяне размера на летищните такси на летище с годишен трафик над 5 милиона превозени пътници или на летище с най-голям брой пътнически превози на територията на Република България";
25. изпълнява и други функции, възложени от главния директор.